当研究所は、昭和56年4月、長野県経済連をはじめ農協県連が中心となり、水田利用再編対策を核とする農畜産物需給調整の進展に対処するために設立され、農畜産物の高付加価値化のための加工技術・製品開発に重点を置いて開発を進めてきました。昭和62年を契機に多様化する会員ニーズに応え、新たに植物バイオテクノロジー、農畜産物の安全性確保等の分野への取り組みを開始しました。その後、JA長野県経済連より、平成3年にきのこ開発研究業務を、平成4年にはクリーン野菜診断管理をそれぞれ委託されました。また、平成13年には(社)長野県原種センターよりきのこ原々種菌製造業務を委託され、現在では広範囲な分野での研究開発に取り組んでいます。